Từ 2006 trở về trước, các đơn vị dự thi được sắp xếp vào hai bảng A và B. Bảng A được dành cho cho đơn vị có truyền thống bồi dưỡng học sinh giỏi, bảng B được dành cho các đơn vị còn lại. Đề thi bảng A nói chung khó hơn đề thi bảng B. Hiện nay, để bảo đảm tính công bằng và để chọn ra học sinh thực sự giỏi, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã huỷ bỏ cơ chế chia bảng. Tất cả các thí sinh ở các tỉnh thành đều làm chung một đề.

Danh sách chia bảng cụ thể như sau:

• Bảng A, gồm: Hà Nội, TP. Hồ Chí Minh, Hải Phòng, Đà Nẵng, Hải Dương, Hưng Yên, Thái Bình, Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình, Bắc Ninh, Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Thái Nguyên, Bắc Giang, Quảng Ninh, Thanh Hoá, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Khánh Hoà, Đồng Nai, Đại học Khoa học tự nhiên (ĐHQG Hà Nội), Đại học Sư phạm Hà Nội, Đại học Ngoại ngữ (ĐHQG Hà Nội), Đại học Vinh, Đại học Huế, Trường Phổ thông Năng khiếu (Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh).
• Bảng B, gồm: Lạng Sơn, Cao Bằng, Bắc Kạn, Hà Giang, Lào Cai, Yên Bái, Tuyên Quang, Lai Châu, Sơn La, Hoà Bình, Gia Lai, Kon Tum, Đak Lak, Lâm Đồng, Ninh Thuận, Bình Thuận, Tây Ninh, Bình Dương, Bình Phước, Bến Tre, Bạc Liêu, Cà Mau, Bà Rịa – Vũng Tàu, Long An, Tiền Giang, Cần Thơ, Đồng Tháp, An Giang, Trà Vinh, Vĩnh Long, Sóc Trăng, Kiên Giang, Trường Phổ thông Vùng cao Việt Bắc.

Riêng môn Tin học:

• Bảng A, chỉ bao gồm: Hà Nội, TP. Hồ Chí Minh, Hải Phòng, Đà Nẵng, Nam Định, Thanh Hoá, Thừa Thiên Huế, Đại học Khoa học tự nhiên (ĐHQG Hà Nội), Đại học Sư phạm Hà Nội, Trường Phổ thông Năng khiếu (Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh), Đại học Huế, Đại học Vinh (nếu có).
• Bảng B, gồm: Các đơn vị đăng ký thi còn lại.